Zagrożenia
Wydra, będąc drapieżnikiem polującym głównie na ryby, znajduje się na szczycie łańcucha pokarmowego wielu ekosystemów wodnych rzek, jezior i niektórych wybrzeży morskich. Te dwie cechy (rybożerność i wysoka pozycja w łańcuchu pokarmowym) powodują, że należy ona do gatunków szczególnie wrażliwych na niszczenie siedlisk i zanieczyszczenie wód, i jest w szczególności narażona na zatrucie toksynami w efekcie procesu bioakamulacji substancji trujących na kolejnych poziomach troficznych.
W ubiegłym stuleciu na większości obszarów Europy zachodniej i niektórych innych terenach następował gwałtowny spadek liczebności populacji wydr, który doprowadził do wyginięcia wydry w wielu krajach Europy, a w innych gatunek uznano za zagrożony wyginięciem. Uważa się, że u podstaw spadku liczebności tego gatunku legły głębokie zmiany środowisk wodnych i nadwodnych, spowodowane przez działalność gospodarczą ludzi. Melioracja bagien, regulacja rzek i niwelacja brzegów, zanieczyszczenie wód oraz dewastacja przybrzeżnych zbiorowisk roślinnych, a także fragmentacja środowisk to główne przyczyny krytycznej sytuacji populacji wydry w Europie.
Zanieczyszczenie wód
Załamanie liczebności tego gatunku, a także wielu innych ptaków i ssaków drapieżnych, miało miejsce równocześnie z zastosowaniem DDT i innych pestycydów, a także wzrostem globalnych koncentracji metali ciężkich, polichlorowanych bifenyli i innych związków chemicznych, które w wysokich koncentracjach mogą być śmiertelne dla kręgowców, a w niskich zmniejszają ich rozrodczość.
Utrata siedlisk
Niszczenie środowisk wodnych do niedawna uważane było za główną przyczynę spadku liczebności gatunku w całej Europie. Kanalizacja i regulacja rzek, usuwanie roślinności nadbrzeżnej, budowa tam, melioracja środowisk wodno-błotnych i inne rodzaje antropopresji na środowiska wodne uważane były przez biologów za przyczynę zmniejszania się liczebności i areału wydry.
W istocie znane są przypadki negatywnego wpływu tego rodzaju działalności człowieka na populacje wydr, np. tamy i zbiorniki zaporowe ograniczyły rozmieszczenie wydr na wielu odcinkach rzek na obszarze Europy.
Także umacnianie brzegów i usuwanie roślinności przybrzeżnej, które towarzyszą melioracjom i regulacjom rzek, odbijają się negatywnie na rozmieszczeniu wydr, co zostało potwierdzone także w warunkach naszego kraju.
Fragmentacja siedlisk
Efekt niszczenia środowisk potęgowany może być dodatkowo przez zjawisko fragmentacji środowisk, prowadzące do tego, że ocalałe pełnowartościowe fragmenty środowisk wodnych z zachowaną roślinnością przybrzeżną stają się za małe i nie zaspokajają wszystkich potrzeb życiowych wydry. W pofragmentowanym środowisku osobniki zmuszone są do podejmowania wędrówek i przekraczania rozmaitych barier środowiskowych, co sprzyja dodatkowemu wzrostowi śmiertelności gatunku.
Szczególnie istotną przyczyną śmiertelności wydry w wielu Europejskich krajach stały się kolizje z pojazdami. W celu ograniczenia tego typu wypadków obecnie podczas prowadzonych remontów dróg i mostów, stosuje się specjalne przejścia dla zwierząt, które mają umożliwiać bezpieczne pokonanie bariery jaką jest ruchliwa droga.
Kłusownictwo
Przez wiele dziesięcioleci wydry były obiektem intensywnych polowań i tępienia przez ludzi. Na wydry polowano dla ich cenionego futra (będącego wzorcem trwałości w przemyśle futrzarskim) a także z powodu praktykowanego przez wiele lat w tzw. "nowoczesnym" (obecnie już przestarzałym) łowiectwie zwyczaju zwalczania szkodników - drapieżników.
Nielegalne kłusownictwo, głównie na stawach hodowlanych, nadal pozostaje problemem w wielu częściach areału wydry i może mieć negatywny wpływ na występowanie wydr jedynie w lokalnej skali.